Железнодорожный узел в городе тоже стремились взять по возможности без разрушений и повреждений. Вокзалом станции «Брест-Пассажирский» враг овладел примерно к 9-10 часам утра, однако рапортовать о полном захвате было рано. В первые часы в подвалах огромного здания укрылись пассажиры, в том числе военнослужащие, следовавшие в расположение своих частей, работники станции и милиционеры.
Гитлеровцы обратились к ним с требованием сдаться. После этого женщины и дети вышли из подземелья, а военнослужащие, вооруженные в основном пистолетами и револьверами, заняли оборону. Немцы бросали в подвал подожженные горючие материалы и гранаты, затем принялись заливать катакомбы водой из паровозных баков. Стоя по пояс в мутной холодной жиже, защитники слышали канонаду из крепости и были уверены, что она доносится с линии фронта. Последние бойцы вышли из подвалов только 29 июня, когда уже был оккупирован Минск. Почти всех расстреляли на месте или отправили в концлагеря.
29 июня оккупанты применили против защитников Брестской крепости авиацию. Так, на Восточный форт было сброшено несколько десятков полутонных бомб и одна в 1800 килограммов. От взрывов детонировали боеприпасы на складе защитников, начался сильнейший пожар.
Но и после этого в крепости оставались немногочисленные группы советских бойцов, продолжавших сопротивление еще почти месяц. Об этом свидетельствует сохранившееся немецкое донесение от 21 июля, в котором говорится, что в крепости произошла перестрелка с группой из шести «русских» бойцов.
А Брестская крепость продолжала сопротивляться. Разрозненные группы бойцов возглавили оставшиеся в живых командиры: Петр Гаврилов, Иван Зубачев, Анатолий Виноградов, Ефим Фомин… Предпринимаемые попытки прорыва из окружения успеха не имели.
Железнодорожный мост через Буг был заминирован. Но в неразберихе первых минут вторжения приказ на подрыв так и не был отдан. Нападавшие оказались проворнее, проникнув на советскую территорию еще до начала артиллерийской канонады. После захвата поста на советском берегу на пути были брошены доски и щиты, по ним вскоре двинулась боевая техника.